De forma direta não é possível estabelecer um logo para cada empresa, uma vez que este recurso fica configurado no registro do servidor. Seria necessária uma customização para possibilitar esta configuração por filial

Porém, já existe caso no qual os consultores utilizaram a criatividade e resolveram este problema da seguinte forma:

1. Transformar cada filial em cliente

2. No cadastro de filial vincular o cliente a sua filial

3. No cadastro deste cliente colocar o logotipo no campo foto

4. O Formato do relatório com grupo de página

5. Deixou uma ficha com a foto do cliente o campo é  filial.cliente.Gerador.FOTO

Levando em consideração que cada cliente / filial possui seu logo cadastrado como foto, sempre que muda a filial, muda também a foto.

Veja modelo abaixo: