Julio,
Acredito que se você usar o campo Desativado no cadastro do funcionario, você consegue filtrar cadastros ativos e inativos no relatório.
Dá para filtrar usando o campo venda.funcionario.GERADOR.DESATIVADO, colocando T ou F no filtro. Fiz um teste rapido na 2006 e funciona. Porém ele não aparece como um campo com lupa, e sim para digitar T ou F. Você pode editar o rotulo do campo para orientar o usuário.
Abraços.